Les groupes paraphylétiques, dans la taxonomie phylogénétique ou cladistique, ce sont ceux qui incluent un ancêtre commun et non tous ses descendants. Le plus grand groupe est dit paraphylétique par rapport au (x) sous-groupe (s) exclu (s).
Un groupe paraphylétique n'est pas un clade. Il s'agit simplement d'un complément relatif d'une ou de plusieurs sous-clades au sein d'un clade. Autrement dit, ce n'est pas un groupe naturel en raison de l'exclusion de certains éléments.
L'exemple typique d'un groupe paraphylétique est celui des Reptilia (reptiles). Ce taxon contient le dernier ancêtre commun des reptiles et presque tous les descendants de cet ancêtre..
Il comprend tous les organismes actuels traditionnellement appelés reptiles, ainsi que toutes les synapsides éteintes. Cependant, il exclut les mammifères et les oiseaux. Les reptiles sont alors paraphylétiques vis-à-vis des oiseaux et des mammifères.
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Selon la taxonomie phylogénétique, aucun descendant ne peut être exclu d'un groupe contenant ses ancêtres, pour que ce groupe soit considéré comme valide (monophylétique). En cas d'exclusion, le résultat serait un groupe non naturel (paraphylétique).
L'école de la taxonomie évolutionnaire exige explicitement que des descendants très différents de leurs ancêtres soient inclus dans des groupes séparés. Les deux écoles, cependant, utilisent souvent les mêmes termes, tels que «monophylie», pour désigner des idées différentes..
La taxonomie évolutive nécessite alors la prise en compte de deux critères: la similitude et l'ascendance commune pour la classification. Ces deux critères permettent de regrouper et de classer les taxons selon le système hiérarchique linnéen. La cladistique, pour sa part, n'accepte qu'un seul critère, à savoir l'ascendance commune pour la définition des taxons..
La taxonomie évolutive a développé une série de normes, telles que le Code international de nomenclature zoologique. Les cladistes semblent vouloir utiliser ces outils, mais selon leurs propres règles.
Ils accusent les codes d'être trop légalistes et trop permissifs. Dans le premier cas, parce qu'il oblige tous les taxons à s'inscrire dans des catégories hiérarchiques arbitraires. Dans le second cas, car il doit s'appliquer à la fois aux groupes monophylétiques et paraphylétiques.
Fondamentalement, la différence entre les classifications cladistiques et évolutives est que la première accepte une seule méthode analytique et un seul critère de classification, tandis que la seconde essaie d'incorporer plusieurs méthodes et accepte une combinaison ou une utilisation alternative des critères de classification..
Le premier a l'avantage d'une cohérence et d'une simplicité strictes. Le second a l'avantage de mieux refléter la diversité et la complexité des processus évolutifs..
Si nous acceptons le fait que seuls les groupes monophylétiques doivent être considérés comme valides et refusons d'exclure des descendants très différents de leurs ancêtres, nous pourrions parvenir à des conclusions inquiétantes..
Par exemple, nous pourrions dire que nous sommes tous des «poissons osseux». En effet, nous sommes des descendants de poissons osseux aux nageoires lobées.
Les groupes de parents, dans certains cas, ont persisté avec leurs descendants. L'application stricte de la monophylie comme critère pour exécuter les ordres taxonomiques dans de tels cas serait ingérable..
Cela diviserait simplement artificiellement les anciens groupes monophylétiques bien définis, en raison de l'augmentation du nombre de descendants. Ou cela obligerait à créer des groupes de descendants contenant des parties d'anciens groupes.
Autrement dit, les taxons définis selon le critère de monophylie ne seraient pas nécessairement plus «naturels» que les taxons paraphylétiques..
Le regroupement de taxons parents avec des taxons descendants créera des taxons monophylétiques hétérogènes en de nombreux caractères. Ces taxons ne seront pas faciles à diagnostiquer, ce qui réduira la possibilité d'appliquer des outils taxonomiques..
L'exemple le plus frappant est la décomposition du groupe traditionnel "Reptilia", ainsi que la création du terme "AveDinosaurs" pour les oiseaux..
Une application stricte de la monophylie à des taxons groupés est donc problématique. Les méthodes de construction d'arbres couramment utilisées entraînent une abstraction trop forte. De plus, ils permettent une visualisation trop simplifiée des processus évolutifs..
Certains auteurs soulignent même que si les taxons paraphylétiques sont rejetés, toute la classification s'effondrera au niveau de la famille, du genre et finalement de l'espèce..
Les taxonomistes Mayr et Bock ont proposé, en 2002, un concept alternatif de classification évolutionniste «darwinienne». Selon cela, deux critères doivent être pris en compte: la similitude et la descendance commune..
Par conséquent, le groupement ordonné des groupes d'organismes en classes sera effectué en fonction de leur similitude avec leur «descendant évolutionnaire inféré». L'intégration des deux critères évite la création de clusters grâce à l'utilisation de similitudes issues d'une évolution parallèle ou convergente..
Cependant, le problème persiste qui permet la reconnaissance des similitudes d'un groupe parental plus âgé qui coexiste en parallèle avec le groupe dérivé.
Selon cette proposition, la monophylie ne serait donc pas «le critère» à utiliser dans la définition des groupes taxonomiques, mais serait un outil de plus.
Ce critère pourrait être utilisé alternativement ou en complément d'autres critères. Par la suite, sa forme d'utilisation doit être décidée au cas où.
Les procaryotes (formes unicellulaires dépourvues de noyau) sont un groupe paraphylétique. Les eucaryotes (organismes avec un vrai noyau), descendent d'un ancêtre dépourvu de noyau.
Le caractère "sans noyau" est alors plésiomorphe (ancestral) et le caractère "avec noyau" est apomorphe (dérivé de l'état ancestral). L'exclusion de tout groupe d'organismes à cellules nucléées du groupe des procaryotes, transforme alors ce dernier groupe en paraphylétique par rapport au groupe exclu..
Selon des études récentes, les crustacés sont un groupe paraphylétique car il n'inclut pas les hexapodes (insectes). L'analyse de l'ADN montre que les insectes terrestres (hexapodes) sont plus étroitement liés aux crustacés aquatiques qu'aux mille-pattes et mille-pattes terrestres (Myriapoda). Les hexapodes formeraient un groupe frère des Xenocarida (Cephalocarida et Remipedia).
Les divers phylums du règne des champignons (champignons) seront paraphylétiques par rapport au groupe polyphylétique des deutéromycètes. Les deutéromycètes ou champignons imparfaits, sont des organismes dont la phase sexuelle de reproduction est inconnue.
C'est un groupe artificiel, qui contient des espèces qui n'ont pas pu être localisées dans les autres groupes de champignons car leur classification est basée principalement sur des caractères présents uniquement dans la phase sexuelle..
Tant que la localisation taxonomique «naturelle» de toutes les espèces encore incluses dans ce taxon n'est pas élucidée, les taxons restants ne peuvent pas être considérés comme monophylétiques..
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